Esmateated Anija mõisast oma praeguses asupaigas pärinevad 1482. aastast, mil see kuulus Herman Soye’le. Soye’d ehitasid oma valduskeskuse välja kivist kindluselamu ehk vasallilinnusena. Mõned selle müürid on tänini alles praeguse mõisahoone keldris, osa neist (koos haruldase hüpokaustahju jäänustega) tuli välja 2012. aasta sügisel.

Oma nime sai Anija mõis väikeselt Hanijõelt, mis voolas mõisast edelas asuvast väikesest rabajärvest Jägala jõkke. Haned on täna ka Anija valla vapil.

17. sajandi lõpul oli mõis pandil erinevate perekondade käes (Holstein, Fresen, Knorringid, Lantinghausenid jt). Peahoone oli kahekorruseline esinduslik kiviehitis. Arvatavasti oli see liigendatud hoone ümber ehitatud keskaegsest kindluselamust.

Põhjasõja järel tagastati mõis Staël von Holsteinide perekonnale. Tänini säilinud kahekorruseline hilisbarokne mõisahoone kerkis Anijale Matthias Georg Staël von Holsteini omandusajal, aastail 1796 – 1801. Kõrge kelpkatusega hoone peakorruseks on esimene korrus. Hoone fassaadi liigendavad pilastrid. Rikkalikud on kunstipärased stukktahvlid, mis kaunistavad nii fassaadi kui ka tagakülje kolme akna laiust keskrisaliiti. Hoonel oli ka detailirikas varaklassitsistlik välisuks.

1840. aastal ostsid mõisa von Ungern-Sternbergid. Peale 1905. aasta rahutusi müüsid von Ungern-Sternbergid mõisa Marie von Wahlile (sünd. von Lieven), kellelt ta 1919. aastal riigistati. Mõisa peahoonet on 19. sajandi teisel poolel ja 20. sajandi algul veidi ümber ehitatud – muudetud on fassaadil asuvate kapiteelide kuju, tagaküljele on lisatud historitsistlik veranda.

Aastatel 1924 – 1975 ja 1990 – 2002 tegutses peahoones algkool. 1943/1944 jagati maja sõjaväega, 1949. aastal pidi kool ruumi tegema ka majja kolinud kolhoosi kontorile.

Anija mõisa ajaloost annab huvitava ülevaate Juhan Maiste oma 2020. aastal ilmunud teoses “Anija mõisa ajalugu. Aadel ja talupoeg”.

Mõisakompleks läbis aastatel 2019-2020 suuremahulised restaureerimistööd, mille käigus korrastati härrastemaja ja aidast sai helge ja avar ait-sündmuskeskus. Mõisapark oli korrastatud juba mõned aastad varem, mil sinna rajati ka 2km pikkune õpperada “Meelte ja kogemuste tee”.