Первые упоминания о мызе Аниа в её нынешнем месторасположении относятся к 1482 году, когда она принадлежала Герману Зойе (Soye). Семья Зойе построила центр своего владения как каменное укреплённое жилище — вассальный замок. Некоторые его стены сохранились до наших дней в подвале главного дома, а часть из них (вместе с остатками редкого гипокауста) была обнаружена осенью 2012 года.

Своё название мыза Аниа получила от небольшой речки Ханийыги (Hanijõgi), которая текла из маленького болотного озера к юго-западу от мызы в реку Ягала. Гуси (hani по-эстонски) и сегодня изображены на гербе Аниаской волости.

В конце XVII века мыза находилась в залоге у различных семей (Гольштейны, Фрезены, Кнорринги, Лантингхаузены и др.). Главное здание представляло собой двухэтажное представительное каменное строение — вероятно, перестроенное из средневекового укреплённого жилища.

После Северной войны мыза была возвращена семье Стаэль фон Гольштейн. Сохранившийся до наших дней двухэтажный позднебарочный усадебный дом был построен в годы владения Маттиаса Георга Стаэля фон Гольштейна — в 1796–1801 годах. Главным (парадным) этажом здания с высокой вальмовой крышей является первый этаж. Фасад расчленён пилястрами. Особенно богаты художественные лепные панели, украшающие как фасад, так и центральный ризалит шириной в три окна с тыльной стороны. У здания также была детально проработанная ранняя классицистическая входная дверь.

В 1840 году мызу купили фон Унгерн-Штернберги. После волнений 1905 года фон Унгерн-Штернберги продали мызу Мари фон Валь (урождённой фон Ливен), у которой она была национализирована в 1919 году. Главный дом мызы был слегка перестроен во второй половине XIX и в начале XX века — изменена форма капителей на фасаде, с тыльной стороны пристроена веранда в стиле историзма.

Aastatel 1924 — 1975 ja 1990 — 2002 tegutses peahoones algkool. 1943/1944 jagati maja sõjaväega, 1949. aastal pidi kool ruumi tegema ka majja kolinud kolhoosi kontorile.

Anija mõisa ajaloost annab huvitava ülevaate Juhan Maiste oma 2020. aastal ilmunud teoses «Anija mõisa ajalugu. Aadel ja talupoeg».

Mõisakompleks läbis aastatel 2019-2020 suuremahulised restaureerimistööd, mille käigus korrastati härrastemaja ja aidast sai helge ja avar ait-sündmuskeskus. Mõisapark oli korrastatud juba mõned aastad varem, mil sinna rajati ka 2km pikkune õpperada «Meelte ja kogemuste tee».