Первые сведения о мызе Ания на её нынешнем месте относятся к 1482 году, когда она принадлежала Герману Сойе. Семья Сойе возвела свой центр владений в виде каменного укреплённого жилища – вассального замка. Некоторые его стены сохранились до сих пор в подвале нынешнего усадебного дома, часть из них (вместе с остатками редкой гипокаустной печи) была обнаружена осенью 2012 года.

Своё название мыза Ания получила от маленькой речки Ханийыги (Hanijõgi – «гусиная река»), которая вытекала из небольшого болотного озера к юго-западу от мызы и впадала в реку Ягала. Гуси и сегодня изображены на гербе волости Ания.

В конце XVII века мыза находилась в залоге у разных семей (Гольштейн, Фрезен, Кнорринги, Лантингхаузены и др.). Главное здание было двухэтажным представительным каменным строением. Вероятно, это расчленённое здание было перестроено из средневекового укреплённого жилища.

После Северной войны мыза была возвращена семье Сталь фон Гольштейн. Сохранившийся до наших дней двухэтажный позднебарочный господский дом был построен в Ания в период владения Маттиаса Георга Сталь фон Гольштейна, в 1796–1801 годах. Главным этажом здания с высокой вальмовой крышей является первый этаж. Фасад расчленён пилястрами. Богато украшены художественные лепные панно, которые декорируют как фасад, так и центральный ризалит шириной в три окна на задней стороне. У здания была также богатая деталями раннеклассицистическая входная дверь.

В 1840 году мызу купили фон Унгерн-Штернберги. После волнений 1905 года фон Унгерн-Штернберги продали мызу Марии фон Валь (урождённой фон Ливен), у которой в 1919 году она была национализирована. Во второй половине XIX и в начале XX века главное здание мызы было немного перестроено: изменена форма капителей на фасаде, а к задней стороне пристроена веранда в стиле историзма.

В 1924–1975 и 1990–2002 годах в главном здании работала начальная школа. В 1943/1944 годах дом делили с военными, а в 1949 году школе пришлось потесниться и для разместившейся в здании конторы колхоза.

Интересный обзор истории мызы Ания даёт Юхан Майсте в своей книге, вышедшей в 2020 году, «История мызы Ания. Дворянин и крестьянин».

В 2019–2020 годах усадебный комплекс прошёл масштабную реставрацию: был приведён в порядок господский дом, а амбар превратился в светлый и просторный событийный центр. Парк мызы был благоустроен ещё на несколько лет раньше, тогда же в нём была проложена 2-километровая учебная тропа «Тропа чувств и впечатлений».